Nel 2006 la certificazione ISO 9001 ottenuta nel 2004 per la sede di Milano, è stata estesa anche agli Uffici Sud del Consorzio.
Lo stesso anno Comieco ha ottenuto la Registrazione EMAS relativamente al proprio sistema di gestione ambientale, per le sedi di Milano e Roma.
Dal 2007 Comieco ha esteso il sistema di gestione anche alla salute e alla sicurezza del proprio personale, ottenendo la certificazione secondo lo standard OHSAS 1800 per le sedi di Milano e Roma.